Description de l’établissement :

Le Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine est le plus grand centre hospitalier mère-enfant au Canada et l'un des quatre plus importants centres pédiatriques en Amérique. Associé à l'Université de Montréal, le CHU Sainte-Justine est de loin le plus grand centre de formation en pédiatrie au Québec et un chef de file au Canada. Chaque jour, ce sont près de 7 000 personnes engagées – spécialistes en soins infirmiers, en réadaptation physique, en santé psychosociale, en recherche et en administration, médecins, dentistes, pharmaciennes et pharmaciens, stagiaires et bénévoles – qui, inspirées par une tradition d’innovation, collaborent afin de transformer la vie de générations.

Description du poste :

Projet
Laboratoire de recherche du Dr Sébastien Jacquemont.
http://minds-genes.org/

Description du poste
Le bioinformaticien/Data-Manager devra identifier, annoter et analyser des variants génétique à partir de données de génotypage et de séquençage (exome et génome complet). Le projet explore l’impact de variants génétiques sur la cognition, le comportement et les traits psychiatriques et neurodéveloppementaux. Il devra également superviser le travail des autres bioinformaticiens du laboratoire et de tous les étudiants qui travaillent sur les données disponibles sur les serveurs. Il sera responsable de l’organisation des données, de l'optimisation des protocoles d’analyse et des pipelines développés au laboratoire en collaboration avec les autres membres de l’équipe.

Des responsabilités supplémentaires consistent en la gestion des actifs informationnels (applications web et serveurs) de l'équipe, la rédaction de documentation, l'assurance-qualité et l'écriture des tests automatisés, et la maintenance du code. Une volonté de travailler en étroite collaboration avec les membres de l’équipe ainsi qu’avec nos collaborateurs est indispensable. Le candidat doit apprendre rapidement et volontairement, avoir un excellent sens de l'organisation, être capable de travailler de manière indépendante et de communiquer de façon efficace oralement et par écrit.

Le candidat sera responsable de :
• Identification, annotation, analyse de variants génomiques structurels. Les data à analyser comprennent des données de génotypage sur 800 000 individus et des données de séquençage (exome et génome complet) sur environ 150 000 individus;
• Supervision d’étudiants travaillant sur les données générées (accès, partage et respect des bonnes procédures);
• Gestion et coordination du travail en bio-informatique du laboratoire;
• Développement et rédaction des procédures de traitement des données dans le laboratoire;
• Organisation et hiérarchisation des données sur les serveurs (Compute Canada);
• Documentation et communication sur le processus d’analyse, résultats, outils et techniques utilisés;
• Interaction avec les membres du laboratoire afin d’élaborer des stratégies d’analyses.

Exigences :

Exigences et aptitudes :
• Bonne connaissance des langages de Scripting (Python, PHP, Bash) ou de programmation (Java, C++, MATLAB);
• Connaissance avec le système d'exploitation Linux;
• Une certaine expérience avec les bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL, ElasticSearch);
• Connaissance des méthodes statistiques de base et du langage R;
• Expérience en programmation dans le domaine de la bio-informatique;
• Bilinguisme;
• Niveau d’études : PhD en bioinformatique, en génomique ou en informatique avec de solides connaissances en génétique;
• Capacité de travailler en groupe sur plusieurs projets;
• Bonne compétence en « Data management »;
• Expérience en gestion de projets et de personnel;
• Expérience de travail sur les clusters de calculs.

Conditions d’emploi
Syndicat des employés du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine (SECR)
Échelle salariale: Niveau 4 - entre 32.11$/hr et 47.70$/hr
Chercheur responsable: Dr Sébastien Jacquemont
Poste : Régulier à temps complet (35 heures par semaine)
Date prévue d’entrée en fonction : Dès que possible
Autre : Le candidat sera également appelé à se déplacer, en fonction des besoins au Centre d’Innovation de GQ/McGill.


Avis important
Nous tenons à préciser que les candidats étrangers devront avoir un permis de travail valide pour le CHU Sainte-Justine. Tout permis de travail ayant la condition suivante ne sera pas éligible : « Pas autorisé à exercer un emploi relié aux soins des enfants, à l'enseignement au primaire ou au secondaire, au domaine de la santé ».

Remarques :

Le genre masculin est utilisé sans discrimination et dans le seul but d’alléger le texte. Le CHU Sainte-Justine souscrit au principe d'accès à l'égalité en emploi et invite les femmes, les membres des minorités visibles et des minorités ethniques, les personnes handicapées et les Autochtones à poser leur candidature. Nous vous serions gré de nous faire part de tout handicap qui nécessiterait un aménagement technique et physique adapté à votre situation lors du processus de sélection. Soyez assuré que nous traiterons cette information avec confidentialité.

Autres avantages :

Au CHU Sainte-Justine, nous sommes animés par des valeurs organisationnelles qui définissent notre philosophie de gestion et qui encadrent nos actions. Les valeurs qui nous unissent sont la bienveillance, la quête de l’excellence, le partenariat et l’engagement individuel et collectif.

Lorsque vous travaillez au CHU Sainte-Justine, vous faites partie d'une grande famille dédiée au bien-être des mères et des enfants. Voici d'autres avantages dont vous bénéficierez :

Des établissements facilement accessibles :
- Station de métro, lignes d'autobus et grands axes routiers à proximité
- Abri à vélos sécurisé

Des services sur place pour vous simplifier la vie :
- Centre de la petite enfance Sainte-Justine
- Nettoyeur et service de couture
- Activités sportives
- Service alimentaire qui encourage l'agriculture biologique et locale
- Livraison de paniers de légumes biologiques

Des privilèges pour divers services et activités :
- Rendez-vous sur notre site Internet pour découvrir les offres de notre Programme avantages :
https://www.chusj.org/fr/Emplois-benevolat/Milieu